>荒らしやら人が来るようになった時まで様子見してみます。 
そうですね（笑
上にあった（ありました）リンク辿ってちょっとソース読んでみたんだけど、
2つのファイルをチェックに2回、記録に2回で計4回開いてた。
記録時には上書きモードで開いてるからこの時点で0バイトファイルに
なっちゃいます。その所為かな? 
でも、「同一内容」で「同一時間」なのか。ワカラン。

で、チェック方法は、
ログに書き込む直前にチェックすれば、1ファイル1回で済むと思うんだけど。

sub reschk {
    open RCK,"+< $bbspath/$folder/rescheck.dat" or return;
    flock RCK,2 or die $!;
    my ($time,$host,$res) = split(/\t/,<RCK>);
    if ($r_h eq $host and $nowtime - $time < $restime){
        close RCK and &error("同一ほすとからの書込は$restime秒以上間を開けてえな");
    }
    if ($comm eq $res){
        close RCK and &error('同一内容の連続れすはできへんでえ');
    }
    truncate RCK,0; seek RCK,0,0;
    print RCK "$nowtime\t$r_h\t$comm";
    close RCK;
}

エラーになっちゃった人の分は新たに書き込まないので、
何度も罠に掛からずに済みます…。